Adam Jensen, responsable de la sécurité à Sarif Industries, bénéficie d'un poste non seulement assez enviable, mais aussi plutôt pratique, étant donné qu'il partage son lieu de travail avec la femme qu'il aime, la scientifique Megan Reed. Sa vie va cependant virer au cauchemar à la veille d'une conférence sur les augmentations à Washington, alors que les locaux de l'équipe scientifique sont attaqués, Megan est tuée et Jensen lui-même affreusement mutilé. Contraint à se faire lourdement augmenté afin de rester en vie, l'agent de sécurité maintenant froid et austère va tout faire afin de découvrir qui se cache derrière la mystérieuse attaque ... et de faire payer aux coupables le prix fort.

Le jeu est en difficulté Give Me Deus Ex, la plus élevée.