Итак, чтобы раз и навсегда закрыть вопрос со сбросом настроек нужно:
1. Задать все настройки кириллицей.
Не переживайте, если некоторые клавиши останутся на латинице, например Ctrl, Right\Left Shift, Left\Right Mouse Button, главное, чтобы все буквенные клавиши были прописаны кириллицей, видимо они причина сбоя.
Теперь при каждом запуске на русской раскладке управление перестанет сбрасываться.

Примечание: этот способ лично найден и проверен на чистой версии без установленных русификаторов и модов на графику\эффекты. Если у Вас установлены какие-то сторонние модификации и фиксы, не ручаюсь, что мой способ будет работать. Но не стесняйтесь экспериментировать!
Приятной игры!

UPD: Управление может сбиваться, если потом запускать игру с включённой английской раскладкой клавиатуры. Перед запуском игры убедитесь, что раскладка стоит русская, иначе придётся снова биндить клавиши.