Такая ситуация может произойти, если у вас есть дополнение Repentance. Если вы столкнулись с этой проблемой, то:

Заходите в игру, потом в статистику, а дальше в секреты. Всё, все достижения на месте!
Если достижения не появились в игре в профиле (например в витрине или в недавних играх), получите любое достижение или опубликуйте любой контент для сообщества (скриншот, мод, обзор, видео и тд).

З.Ы.: время открытия достижений сохранится ТОЛЬКО в библиотеке, в разделе "Итоги игры" (не работает с достижением Magdalene). В остальных местах время открытия достижений будет новое