버그도, 의도된 것도 아닌 시스템상의 한계? 설정? 이라 생각하시는 게 맞을 겁니다.

이 모드의 경우 세력 지도자를 판단하여 그 인물에게 설정된 세력 깃발을 적용해주는 것입니다.
설정된 인물이 있는 세력에 이미 설정된 깃발들(기본, 공국, 왕국, 황제국)이 있기 마련인데 인물에게는 기본 단계의 깃발만이 설정되어 있습니다.

이때 세력 등급이 올라서 공국 이상이 된다면 인물에게 설정된 기본 깃발 위로 공국, 왕국, 황제국의 깃발이 적용되는 것이라 생각하면 됩니다.

간단하게 말하자면

원래 세력(메이저, 마이너, 지역 세력)에 설정된 인물로 관우가 들어가 세력 지도자가 되면
원래 세력에 설정된 기본 깃발이 세력 지도자를 따라 관우의 깃발로 바뀌지만,
세력 등급이 공국 이상으로 가면 원래 세력에 설정된 공국과 왕국, 황제국의 깃발로 변경됩니다.
관우에게는 기본 깃발만 설정되어 있기 때문이죠.

다만 관우에게 만약에 형주국이라는 깃발을 따로 만들어서 설정했다고 해도 그 깃발로 형주공국이나 형주국이 되지 않습니다.
그 이유에 대해서는 저도 자세히는 모릅니다. 저도 이 부분에 대해서 한번 사마의로 진 공국, 진나라를 만들어 보려 했지만 적용이 안 되더군요.
알렉스 짜오 님께서 만든 깃발 관련 모드를 보면 아무래도 공국 이상의 깃발을 세력에 적용할 때에는 스타트 포스를 건드려야 하는 것 같습니다.

까지가 제가 지금까지 깃발 관련해서 연구하면서 알게 된 내용입니다.