Als Klon eines unbekannten (und gefallenen) Commanders von Professor Doktor Horatio Möbius und seiner medizinischen Assistentin Doktor Irina Spalkova herangezüchtet, ist es Ihre Aufgabe, die Insel des Chaos unter die Kontrolle des Professors zu bringen. Doch bevor dies geschehen kann, muss der Commander, auch Sechs-Eins genannt sich einer letzten großen Prüfung stellen bevor er seiner Aufgabe als Kommandant nachkommen kann. Eine Prüfung, welche ihn berechtigt eine große Klonarmee in den Krieg zu führen.